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暗反应
暗反应是光生物学反应，是由光量子为生物色素吸收的时间极短的光反应过程和为光所激发的色素在暗处引起的一系列暗反应过程所组成的。暗反应是激发分子的热力学的缓和过程，是电荷的分离、电子的传递、磷酸化或短命的中间体形成等多种基本过程。其中[H]和ATP来自光反应，CO2主要来自大气中，酶是叶绿体本身所固有的。
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叶绿体
叶绿体是一类质体，在光学显微镜下，叶绿体呈现为颗粒状，主要由蛋白质、类脂、核糖核酸和色素所组成。叶绿体中的色素分布在类囊体薄膜上，完成光合作用的整个光反应过程的色素和酶也都在片层结构薄膜上，所以光合作用的光反应是在基粒类囊体的薄膜上进行的。
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无机营养生物
无机营养生物是在获能反应中仅利用无机物来生活增殖的生物，为有机营养生物的对应词。进行化学的暗反应的生物，称为化学合成无机营养生物，进行光化反应的，称为光合成无机营养生物。以分子氢还原硫酸盐的硫酸还原细菌等都是无机营养生物的例子，另外要求微量生长因子的固碳生物也属于这方面的生物。
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无机氧化生物
从氧化底物和对其作用的能量获得形式方面来对生物的营养摄取方式进行分类时，利用从外部摄取的无机化合物作为氧化的电子供体的生物，称无机氧化生物。前者亦称为专性自养生物，有硝化细菌、硫细菌、绿色硫细菌、红色硫细菌、氢细菌、铁细菌、一氧化碳细菌等。
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单眼
单眼也称小眼。这些单眼从表面向内方由透镜状的几丁质角膜（角膜晶体）、角膜细胞层及若干个视觉细胞包围着视杆集合成小网膜而构成。由视觉细胞的轴突在单眼内次级神经元与突触结合，次级神经元的神经纤维达到脑的单眼叶（ocellarlobe）。背单眼看物体形态的能力低，不如说是对明暗反应影响中枢兴奋状态的一种激发器官。
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C3植物
C3植物是指在光合作用的暗反应过程中，一个CO2被一个五碳化合物(1，5-二磷酸核酮糖，简称RuBP)固定后形成两个叁碳化合物(3-碳酸甘油酸)，即CO2被固定后最先形成的化合物中含有叁个碳原子，所以称为C3植物。
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C4植物
C4植物是指在光合作用的暗反应过程中，一个C2被--个含有叁个碳原子的化合物(磷酸烯醇式丙酮酸)固定后首先形成含四个碳原子的有机酸（草酰乙酸），所以称为C4植物。通过C4途径固定CO2的过程是在叶肉细胞中进行的。C4中的C转移到C3途径是在维管束鞘细胞中进行的，光合作用的暗反应过程也是在维管束鞘细胞中进行。
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无机呼吸
自然界的一群微生物（主要是土壤细菌）利用外部无机化合物作为电子供体，靠化学暗反应用氧分子进行氧化获得能量，称为无机呼吸，进行这种呼吸的生物称为无机氧化生物。可作为无机呼吸底物的物质有NH4和NO2-等还原态氮化合物，H2S、S（胶体状）、S2O32-、SO32-等硫化合物、铁化合物以及分子态氢。
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自养生物
其原义是指仅以无机化合物为营养进行生活、繁殖的生物，在这种古典概念中，并没有把获得能量的基质氧化和为了碳素同化而进行营养物质的还原这两大代谢系统加以区别。自养性微生物其具有代表性的例子是红色无硫细菌、红色硫细菌、绿色硫细菌、硝化细菌、硫细菌、氢细菌、铁细菌、一氧化碳细菌等。