鞭毛室
鞭毛室是构成海绵动物沟系中心的小室，它的壁由领细胞组成，通过领细胞的鞭毛运动，把水经由小孔→流入沟→前幽门孔形成的水流朝后幽门孔→流出沟→胃腔→出水口的方向推动，摄取水中的微生物作为食物。此外并还在此处进行呼吸和排泄。单沟型（as-contype）沟系的海绵无鞭毛室，其领细胞在胃腔壁上。
胃层
胃层是覆盖在海绵动物胃腔面上的细胞层，它与覆盖体表的皮层和中间的中胶层共同构成体壁。沟系为最简单的单沟型（厚海绵型），其胃层均由领细胞构成，藉此在沟系中激起水流，司摄食、消化、吸收、呼吸和排泄等功能。胃层由与皮层相同的上皮状的扁平细胞构成。把海绵动物的胃层称为内胚层是不正确的。