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有氧呼吸
在第2阶段中，乙酰辅酶A（乙酰CoA）的二碳乙酰基，通过三羧酸循环转变为CO2和氢原子。在循环开始时，一个乙酰基以乙酰-CoA的形式，与一分子四碳化合物草酰乙酸缩合成六碳三羧基化合物柠檬酸。但大多数呼吸链由下列成分组成，即：烟酰胺脱氢酶类、黄素蛋白类、铁硫蛋白类、辅酶Q和细胞色素类。
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氧化磷酸化
氧化磷酸化是指伴随着生物氧化过程的三磷酸腺苷（ATP）的生成作用。具体说，就是物质在细胞内的氧化分解与二磷酸腺苷（ADP）和磷酸（Pi）转化成ATP的反应偶联。氧化磷酸化有不同的方式，其中最主要的是：ATP的生成与电子传递体系（呼吸链）的偶联，此作用在线粒体内膜上进行，是需氧生物获取ATP的主要方式。
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硝酸盐还原
硝酸盐还原nitratereduction是生物体内的一种氧化还原反应，即硝酸盐受硝酸还原酶的作用，还原成亚硝酸的反应。在硫黄细菌中也同样有以硝酸盐氧化硫黄及其化合物，并利用其能量进行无机营养型的生长（在这种情况下，硝酸盐的变化并不停留在亚硝酸的阶段，可以看到分子态氮的出现脱氮作用）。
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兼性厌氧菌
兼性厌氧菌又称兼嫌气性微生物，兼嫌气菌。在有氧或无氧环境中均能生长繁殖的微生物。在有氧（O2）或缺氧条件下，可通过不同的氧化方式获得能量。如酵母菌在有氧环境中进行有氧呼吸，在缺氧条件下发酵葡萄糖生成酒精。许多肠道细菌，如大肠杆菌等均属此类。
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好氧菌
好氧菌亦称需氧菌、需氧微生物。在有氧环境中生长繁殖，氧化有机物或无机物的产能代谢过程，以分子氧为最终电子受体，进行有氧呼吸。包括大多数细菌、放线菌和真菌。
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坏死
坏死是机体的局部组织、细胞的死亡。坏死与机体死亡是两个不同的概念，机体死亡是指心跳、呼吸停止，并进入不可恢复的状态，机体死亡后一段时间内机体的许多组织仍然存活，所以从刚死的机体上取下的器官、组织可以进行器官移植或组织培养。在低温条件下，组织的新陈代谢低，对缺血的耐受性就强。
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需氧代谢
需氧代谢aerobicmetabolism是以消耗分子态氧，即由有氧呼吸而进行的一种能量代谢。此时，底物的氢原子，由脱氢酶系统通过电子传递系统，移到作为最后电子受体的分子态氧上而形成水，这时产生氧化磷酸化，氧化能量以ATP的形态被固定下来。