系统性硬皮病易与皮肌炎、成人硬肿症混淆，应注意鉴别。
(1)皮肌炎急性期有眼周浮肿性淡紫丘疹，四肢近端肌疼明显，血清肌酸磷酸肌酶、乳酸脱氢酶与醛缩酶显著升高，肌肉活检为炎性浸润，二者不难区别。但是，在慢性皮肤炎出现轻度皮肤、肌肉萎缩时，易与系统性硬皮病混淆。鉴别要点是，前者无指端硬化，血清抗scl-70抗体阴性。
(2)成人硬肿症的皮损多自头部开始向背部蔓延，皮损处无色素沉着，皮肤、肌肉不发生萎缩，有自愈倾向，与系统性硬皮病容易区别。
